こんにちは、minoruです。
ファイルの文字コードがSHIFT-JISだったりした場合、UbuntuではUTF-8に変換しないと色々と問題が発生したりします。文字コードだけでなく、改行コードも変換しておかないと、これまた問題が発生したりします。
iconv -f EUC-JP -t UTF-8
他には、nkfコマンドが便利。
私のUbuntu（正確にはXubuntu）には最初からnkfは入っておらず、以下のコマンドをCtrl+Alt+Tで起動したターミナルに打ち込んでインストールを実行。
sudo apt install nkf
インストールが完了したら以下のコマンドを実行。
nkf -wd ファイル名
ただ、これだとターミナル上で表示して終わりなので、文字コードを変換して上書きする場合には以下のようにする。
nkf -wd --overwrite