こんにちは、minoruです。
※Xサーバーに限らず多分Linuxで作動しているサーバーなら使えるんじゃ無いかと思います。Xreaでも使えました。（よく考えたらLinux関係なくてPHPか…？）
XサーバーをFTPソフトで開き、不要なファイルを消していたところ、なぜか空っぽのはずのディレクトリ（フォルダ）が削除できずに残ってしまいました。
日本語名でも無いし、ブラウザでファイルマネージャーから削除してもダメでした。
PHPのプログラムファイルをサーバーにアップし、そのファイルをブラウザで開けば削除できるプログラムを作ってくれている人がWEB上にいたんですが、それでも上手くいかず。
結果、たった1行のプログラムファイルで削除できました。
＜?php system("rm -rf ディレクトリ名/"); ?＞
＜＞は全角になってるから、半角に変えてね！
これを適当なremove.phpなどのファイル名で保存して、消したいディレクトリと同じ階層（フォルダ）に入れて、そのファイルにブラウザでアクセスするだけ。
消したい対象がファイルの場合は上記コードの「ディレクトリ名」のところをファイル名にすれば良いだけです。